期刊简介

《中华耳鼻咽喉头颈外科杂志》是中华医学会主办并直接出版的高级医学科技期刊,以反映我国外科领域重大研究进展,努力促进国内外学术交流为办刊宗旨。本刊 以高、中级耳鼻咽喉头颈外科外科专业医生及相关的研究人员为读者对象,主要报道相关领域领先的科研成果和临床诊治经验以及对临床工作有指导作用的基础理论 研究。主要栏目有论著、荟萃分析、述评、专论、综述、病例报告、经验与教训、学术争鸣、讲座等

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  • 杂志名称:中华耳鼻咽喉头颈外科杂志
  • 主管单位:中华耳鼻咽喉科杂志
  • 主办单位:中国科学技术协会
  • 国际刊号:11-5330/R
  • 国内刊号:11-5330/R
  • 出版周期:月刊
期刊荣誉:中华人民共和国新闻出版总署评为“双效期刊”,入选中国期刊方阵期刊收录:统计源核心期刊(中国科技论文核心期刊), 哥白尼索引(波兰), 万方收录(中), 知网收录(中), CSCD 中国科学引文数据库来源期刊(含扩展版), 维普收录(中), 国家图书馆馆藏, 北大核心期刊(中国人文社会科学核心期刊), 上海图书馆馆藏, CA 化学文摘(美), JST 日本科学技术振兴机构数据库(日)
中华耳鼻咽喉头颈外科杂志2014年第08期

利用高通量转录组测序数据预测喉鳞状细胞癌转录组新长链非编码RNA的初步研究

张洋;刘贵明;王国良;钟琦;陈晓红;房居高;黄志刚

关键词:喉肿瘤, 癌, 鳞状细胞, 转录组, RNA, 长链非编码, 基因表达谱, 计算生物学
摘要:目的 利用链特异性转录组测序(RNA-Seq)技术,通过生物信息学手段,筛选并鉴定喉鳞状细胞癌(鳞癌)患者转录组中新的长链非编码RNA并对其进行差异表达分析,为进一步阐明喉鳞癌发病的分子机制提供基础.方法 选取10例喉鳞癌患者的肿瘤组织并提取RNA,构建链特异性转录组文库,利用高通量测序平台进行测序.滤除低质量数据后进行比对组装,对得到的转录本进行分类和注释,采用优化的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)识别流程鉴定喉鳞癌转录中新的LncRNA,并对其特征进行分析.结果 建立了一个优化的流程,从10个喉鳞癌转录组中,共发现了134条目前LncRNA数据库中未收录的新的LncRNA,并分析其长度分布、开放阅读框(open reading frame,ORF)长度、表达差异特征.结论 通过高通量测序手段从喉鳞癌转录组中预测得到新的及其差异表达的LncRNA,可能为喉鳞癌LncRNA的生物信息学分析建立一个较好的流程.